Заболяванията възникват поради образуването на автоимунни антитела или възпроизвеждане на автоагресивни клетъчни клонинги убийци. В резултат на това тъканите започват да се разрушават и се развива автоимунно възпаление. Образно казано, човешкият организъм започва програма за самоунищожение. Вариантите на тези заболявания са много и понякога човек страда и боледува дълги години, преди да отиде в лабораторията за провеждане на анализ за автоимунно заболяване.
Експертите смятат, че пушачите са изложени на риск от промени в имунните клетки, които в крайна сметка водят до развитие на болестта. Автоимунните заболявания се поддават трудно на терапия, а клетките на пушачите губят способността си за защита при съприкосновение с чужди тела и автоагресивните клетъчни клонинги.